Le Front Patriotique Rwandais, mouvement de guérilla puis parti politique, apparaît officiellement en décembre 1987. Plusieurs de ses membres fondateurs, dont Fred Rwigyema et Paul Kagame ont participé à la reconquête de l’Ouganda par Yoweri Museveni et la NRA entre 1981 et 1986, puis occupent des postes de hauts responsables dans l’armée ougandaise avant d’en être mis à l’écart précisément du fait de leur origine rwandaise. La grande majorité des membres du FPR est issue de la diaspora tutsi qui a fuit le Rwanda après les massacres de 1959, 1963, 1973 et le noyau de ses dirigeants est issu de la diaspora rwandaise en Ouganda.

Néanmoins, le FPR a dès sa création tenu à afficher une composition multi-ethnique, accueillant en ses rangs à la fin des années 1980 et au début des années 1990 des personnalités hutu auparavant proches de Juvénal Habyarimana, comme Pasteur Bizimungu, Alexis Kanyarengwe, ou Seth Sedashonga.

L’APR (Armée Patriotique Rwandaise) est la faction armée et clandestine du Front. Le 1er octobre 1990, le FPR attaque le Rwanda, mais est déstabilisé par la mort de Fred Rwigyema et défait par le soutien militaire que la France apporte au régime de Juvénal Habyarimana lors de l’opération Noroît. Après une retraite difficile dans la région des volcans, le FPR change de stratégie et se rapproche de la lutte de guérilla et organise des raids et attaques ponctuelles. Début 1994, le FPR est fort de 20 000 hommes.

Mais la guerre de conquête parallèle au génocide va profondément modifier la composition du mouvement qui se retrouve à la tête du Rwanda en juillet 1994 et double ses effectifs. Si officiellement les accords d’Arusha sont mis en place après la fin du génocide, c’est la branche armée du Front regroupée autour de Paul Kagame, devenu ministre de la défense, qui détient la réalité du pouvoir. Les partis d’opposition sont vidés de leur substance, leurs dirigeants sont emprisonnés ou doivent quitter le pays et entre 1999 et 2000, le FPR devient dans les faits un parti unique, qui n’en est pas moins confronté à de fortes dissensions internes, notamment entre ses membres issus des diaspora ougandaise et burundaise.

En 2003, après l’adoption d’une nouvelle constitution, Paul Kagame est élu président de la République à plus de 95% des voix.